ネズミのいないマリオン・プロジェクトは、これまでの撲滅活動の成功という強固な基盤の上に成り立っているが、ロジスティクス、時期、規模など、克服しなければならない課題がないわけではない：

• 30,000ヘクタール（116平方マイル）に及ぶマリオン島は、現在計画されている根絶作戦の中でも最大級の島であり、ネズミの根絶が一度に試みられる島としても最大である。 この撲滅の難題をうまく切り抜ける熟練したパイロットを擁するヘリコプターの艦隊が必要となる。
• この島は人里離れた場所にあり、飛行場もないため、ヘリコプター、燃料、パイロット、プロジェクト・スタッフ、エサ、その他プロジェクトに不可欠な資材を船で運ぶ必要がある。
• マリオン島の山、尾根、谷、溶岩原といった広大で険しい地形で、ネズミの餌が限られる南半球の冬に餌を撒かなければならない。 強風、濃い雲、霧など、気象条件は危険で、最も熟練したパイロットに難題を突きつけることもある。

マウス・フリー・マリオン・プロジェクトの技術計画は、これらすべての課題に対応している。 現在、このプロジェクトにとって最も重要な課題は、マリオン島の復興に尽力する寄付者のコミュニティを構築することである。 島の面積が広く、人里離れた場所にあるため、上記のような課題に取り組むにはコストがかかる。 しかし、この一度きりの介入は、永続的に保全効果をもたらし、保全投資に対する大きなリターンとなる。

ネズミを根絶するための強力な慈善事業的支援がなければ、島の生物多様性は減少し続け、ワンダリング・アホウドリをはじめとする世界的に重要な海鳥の個体群にとって、ますます危険な未来が待ち受けている。